为有效改善重点流域生态环境质量，充分调动流域上下游地区保护治理积极性，云南省财政厅牵头会同省生态环境厅、省水利厅等部门和相关州（市），建立财政激励引导机制，推进流域生态保护补偿机制改革，加快推动形成成本共担、效益共享、责任共负、合作共治的流域保护治理长效机制。
持续深化推动落实赤水河流域跨省横向生态保护补偿。2018年，云南、贵州、四川三省签订赤水河流域横向生态保护补偿协议，每年共同出资两亿元设立赤水河流域水环境横向补偿资金，建立起长江流域首个跨多省流域生态补偿机制。云南出省断面水质稳定达标（Ⅱ类），获贵州、四川补偿资金1.2亿元，有力支持了赤水河流域生态保护。2020年，首轮补偿协议到期后，云南省财政厅牵头组织研究第二轮补偿磋商方案，在财政部、生态环境部指导下，与两省进行协商。2023年，三省政府签订第二轮补偿协议，将补偿资金规模增加至每年3亿元，将补偿期限延长至5年（2021年—2025年）。
探索建立珠江流域省内跨州（市）横向生态保护补偿，组织昆明、曲靖、玉溪、红河、文山5个州（市）政府签订补偿协议。2023至2025年，云南省级财政和珠江流域5个州（市）政府每年按1∶1比例筹资1亿元实施珠江流域省内跨州（市）横向生态保护补偿。此外，建立省级奖补机制，支持横向生态保护补偿机制向全省拓展，昆明、大理、文山等州（市）在辖区内重点流域建立了横向生态保护补偿机制。
